随着公路隧道工程数量的增加和建设速度的加快，加之公路隧道的上述特点，目前，由于设计、施工等方面的原因，国内已建和在建的部分公路隧道都不同程度地出现了质量问题，有些甚至出现了严重的质量问题，其中最常见的有以下几个方面：
(1)隧道渗漏。与其他地下工程一样，公路隧道在施工期间和建成后，一直受着地下水的影响，特别是建成后的隧道，更是处于地下水的包围之中。
1)地下水无孔不入，当水压较大，防水工程质量欠佳时，地下水便会通过一定的通道渗入或流入隧道内部，对行车安全以至衬砌结构的稳定构成威胁。
2)据统计，目前国内公路隧道完全无渗漏者寥寥无几，绝大部分隧道都存在着不同程度的渗漏问题，渗漏部位遍及隧道全周。因此，在设计科学的防排水结构和加强防排水施工质量管理方面，我国公路隧道界还有很长的路要走。
(2)衬砌开裂。作用在隧道衬砌结构上的压力，与隧道围岩的性质、地应力的大小以及施工方法等因素有关。
由于受技术和资金条件的限制，一些因素在设计前是难以确定的，所以在隧道衬砌结构设计中常带有一定的盲目性，导致结构强度不够或与围岩压力不协调，造成衬砌结构开裂、破坏。然而，工程上出现的衬砌开裂更多的则是由于施工管理不当造成的，或是因为衬砌厚度不足，或是因为混凝土强度不够。
(3)限界受侵。建筑限界是保证车辆安全通过隧道的必要断面。在公路隧道施工过程中，有时会遇到松软地层，当地压较大时，围岩的变形量将很大，如果施工方法不当或支护形式欠妥、支护不及时，则容易导致塌方。为了保证施工安全和避免塌方，容易形成仓促衬砌，忽视断面界限，使建筑限界受侵。另一种施工中的常见现象是衬砌混凝土在浇筑过程中，模板强度、刚度不足，出现走模，也会导致限界受侵。
(4)通风、照明不良。在部分运营隧道中有害气体浓度超限，洞内照明昏暗，影响司乘人员健康，威胁行车安全。造成隧道通风与照明不良的原因有设计欠妥、器材质量存在问题和运营管理不当等三个方面：
1)关于设计方面的问题，应从加强理论与试验研究着手，不断总结经验，提高设计水平来加以解决。
2)对于器材，应在安装前对其性能指标加以检测，不符合要求者不予采用。
3)目前造成隧道通风与照明不良的主要原因是隧道管理部门资金不足，管理不善，风机与灯具开启强度不足。为了不降低隧道的使用标准，确保安全运营，应定期对隧道的有关通风、照明指标进行抽检。
